Сотрудник на удаленной работе самостоятельно решает, в какое время трудиться (ч.1 ст.312.4 ТК РФ), но у работодателя сохраняется обязанность по учету рабочего времени и способ учета работодатель выбирает самостоятельно: например, использование спец. ПО http://www.garant.ru/article/1334353/